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Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a common lymphoid malignancy with strong heritability. To further understand the genetic susceptibility for CLL and identify common loci associated with risk, we conducted a meta-analysis of four genome-wide association studies (GWAS) composed of 3,100 cases and 7,667 controls with follow-up replication in 1,958 cases and 5,530 controls. Here we report three new loci at 3p24.1 (rs9880772, EOMES, P=2.55 × 10(-11)), 6p25.2 (rs73718779, SERPINB6, P=1.97 × 10(-8)) and 3q28 (rs9815073, LPP, P=3.62 × 10(-8)), as well as a new independent SNP at the known 2q13 locus (rs9308731, BCL2L11, P=1.00 × 10(-11)) in the combined analysis. We find suggestive evidence (P<5 × 10(-7)) for two additional new loci at 4q24 (rs10028805, BANK1, P=7.19 × 10(-8)) and 3p22.2 (rs1274963, CSRNP1, P=2.12 × 10(-7)). Pathway analyses of new and known CLL loci consistently show a strong role for apoptosis, providing further evidence for the importance of this biological pathway in CLL susceptibility.
Meta-analysis of genome-wide association studies discovers multiple loci for chronic lymphocytic leukemia
Sonja I. Berndt, A;Nicola J. Camp, * Nicola J. Camp;Christine F. Skibola, * Christine F. Skibola;Joseph Vijai, *;Zhaoming Wang, *;Jian Gu, *;Alexandra Nieters, *;Rachel S. Kelly, 8 Rachel S. Kelly;Karin E. Smedby, 10 Karin E. Smedby;Alain Monnereau, 11;Wendy Cozen, 14;Angela Cox, 16;Sophia S. Wang, 17 Sophia S. Wang;Qing Lan, 18;Lauren R. Teras, 1 Lauren R. Teras;Moara Machado, 19;Meredith Yeager, 20;Angela R. Brooks Wilson, 6 Angela R. Brooks Wilson;Patricia Hartge, 22;Mark P. Purdue, 1 Mark P. Purdue;Brenda M. Birmann, 23 Brenda M. Birmann;Claire M. Vajdic, 24 Claire M. Vajdic;COCCO, PIER LUIGI;Yawei Zhang, 26;Graham G. Giles, 27 Graham G. Giles;Anne Zeleniuch Jacquotte, 29;Charles Lawrence, 32;Rebecca Montalvan, 33;Laurie Burdett, 33;Amy Hutchinson, 6;Yuanqing Ye, 6;Timothy G. Call, 7 Timothy G. Call;Tait D. Shanafelt, 34 Tait D. Shanafelt;Anne J. Novak, 35 Anne J. Novak;Neil E. Kay, 35 Neil E. Kay;Mark Liebow, 34;Julie M. Cunningham, 35 Julie M. Cunningham;Cristine Allmer, 36;Henrik Hjalgrim, 37;Hans Olov Adami, 38;Mads Melbye, 39;Bengt Glimelius, 40;Ellen T. Chang, 41 Ellen T. Chang;Martha Glenn, 43;Karen Curtin, 44;Lisa A. Cannon Albright, 45 Lisa A. Cannon Albright;Ryan Diver, 46 W;Brian K. Link, 19 Brian K. Link;George J. Weiner, 47 George J. Weiner;Lucia Conde, 47;Paige M. Bracci, 4 Paige M. Bracci;Jacques Riby, 48;Donna K. Arnett, 4 Donna K. Arnett;Degui Zhi, 3;Justin M. Leach, 49 Justin M. Leach;Elizabeth A. Holly, 49 Elizabeth A. Holly;Rebecca D. Jackson, 48 Rebecca D. Jackson;Lesley F. Tinker, 50 Lesley F. Tinker;Yolanda Benavente, 51;Núria Sala, 53;Delphine Casabonne, 55;Nikolaus Becker, 57;Paolo Boffetta, 58;Paul Brennan, 59;Lenka Foretova, 60;Marc Maynadie, 61;James McKay, 62;Anthony Staines, 60;Kari G. Chaffee, 63 Kari G. Chaffee;Sara J. Achenbach, 37 Sara J. Achenbach;Celine M. Vachon, 37 Celine M. Vachon;Lynn R. Goldin, 37 Lynn R. Goldin;Sara S. Strom, 1 Sara S. Strom;Jose F. Leis, 7 Jose F. Leis;Brice Weinberg, 64 J.;Neil E. Caporaso, 65 Neil E. Caporaso;Aaron D. Norman, 1 Aaron D. Norman;Anneclaire J. De Roos, 37 Anneclaire J. De Roos;Lindsay M. Morton, 66 Lindsay M. Morton;Richard K. Severson, 1 Richard K. Severson;Elio Riboli, 67;Paolo Vineis, 68;Rudolph Kaaks, 69;Giovanna Masala, 58;Elisabete Weiderpass, 70;María Dolores Chirlaque, 73;Roel C. H. Vermeulen, 74 Roel C. H. Vermeulen;Ruth C. Travis, 76 Ruth C. Travis;Melissa C. Southey, 77 Melissa C. Southey;Roger L. Milne, 78 Roger L. Milne;Demetrius Albanes, 29;Jarmo Virtamo, 1;Stephanie Weinstein, 79;Jacqueline Clavel, 1;Tongzhang Zheng, 13;Theodore R. Holford, 27 Theodore R. Holford;Danylo J. Villano, 80 Danylo J. Villano;Ann Maria, 5;John J. Spinelli, 5 John J. Spinelli;Randy D. Gascoyne, 82 Randy D. Gascoyne;Joseph M. Connors, 84 Joseph M. Connors;Kimberly A. Bertrand, 85 Kimberly A. Bertrand;Edward Giovannucci, 24;Peter Kraft, 86;Anne Kricker, 87;Jenny Turner, 88;ENNAS, MARIA GRAZIA;Giovanni M. Ferri, 91 Giovanni M. Ferri;Lucia Miligi, 92;Liming Liang, 93;Baoshan Ma, 87;Jinyan Huang, 94;Simon Crouch, 9;Ju Hyun Park, 95;Nilanjan Chatterjee, 96;Kari E. North, 1 Kari E. North;John A. Snowden, 98 John A. Snowden;Josh Wright, 99;Joseph F. Fraumeni, 99 Joseph F. Fraumeni;Kenneth Offit, 1;Xifeng Wu, 5;Silvia de Sanjose, †;James R. Cerhan, † James R. Cerhan;Stephen J. Chanock, † Stephen J. Chanock;Nathaniel Rothman, †;Susan L. Slager, †;Susan L. Slager
2016-01-01
Abstract
Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a common lymphoid malignancy with strong heritability. To further understand the genetic susceptibility for CLL and identify common loci associated with risk, we conducted a meta-analysis of four genome-wide association studies (GWAS) composed of 3,100 cases and 7,667 controls with follow-up replication in 1,958 cases and 5,530 controls. Here we report three new loci at 3p24.1 (rs9880772, EOMES, P=2.55 × 10(-11)), 6p25.2 (rs73718779, SERPINB6, P=1.97 × 10(-8)) and 3q28 (rs9815073, LPP, P=3.62 × 10(-8)), as well as a new independent SNP at the known 2q13 locus (rs9308731, BCL2L11, P=1.00 × 10(-11)) in the combined analysis. We find suggestive evidence (P<5 × 10(-7)) for two additional new loci at 4q24 (rs10028805, BANK1, P=7.19 × 10(-8)) and 3p22.2 (rs1274963, CSRNP1, P=2.12 × 10(-7)). Pathway analyses of new and known CLL loci consistently show a strong role for apoptosis, providing further evidence for the importance of this biological pathway in CLL susceptibility.
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Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
